O cérebro e a medula espinhal são notavelmente resistentes à infecção, mas quando ela ocorre, as conseqüências sempre são muito graves. Por exemplo, a meningite, uma inflamação das membranas que revestem o cérebro e a medula espinhal (meninges) e é comumente causada por uma infecção bacteriana ou viral. A meningite asséptica é uma denominação às vezes utilizada na descrição de uma inflamação das meninges geralmente causada por um vírus, mas que em alguns casos trata-se de uma reação auto-imune (como ocorre ocasionalmente na esclerose múltipla); de um efeito colateral de um medicamento (p.ex., ibuprofeno); ou é causada por substâncias químicas injetadas no canal espinhal. A encefalite (inflamação do cérebro), é quase sempre causada por uma infecção viral, mas também pode ser causada por uma reação auto-imune. O abcesso é uma infecção localizada, muito semelhante a um furúnculo, e pode ocorrer em qualquer parte do corpo, inclusive no cérebro. As bactérias e outros microrganismos infecciosos podem atingir as meninges e outras áreas do cérebro de diversas maneiras a partir de regiões distantes. As bactérias podem ser transportadas pela corrente sangüínea ou podem invadir o cérebro por penetração direta como, por exemplo, a partir de uma lesão ou de uma cirurgia. Os abcessos podem se disseminar a partir de estruturas infectadas adjacentes ao cérebro (p.ex., seios da face).
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